В отличие от германского флота, имевшего значительное количество хорошо оборудованных специализированных баз для своего подводного флота, японские подводные лодки размещались в общефлотских базах. Этот недостаток частично компенсировался значительным количеством и их неплохой оснащенностью. Основными базами Страны восходящего солнца были:

Йокосука - на западном берегу Токийского залива, оборудованная для базирования кораблей всех классов. База располагала значительными судостроительными и ремонтными средствами для кораблей всех классов (государственная военно-морская верфь и верфи "Сумитомо дзюкоге").
Куре - в западной части Внутреннего моря. Хорошо оборудованная с обширным рейдом, могла принять на базирование значительное число кораблей всех классов, практически все ядро японского флота. Располагала крупным судостроительным и ремонтным потенциалом (государственная военно-морская верфь).
Майдзуру - на побережье залива Вакаса, основная база в Японском море. Могли базироваться корабли любого класса. Судостроительные верфи "Хитачи дзосэн".
Сасебо - на западном побережье острова Кюсю, округ Нагасаки. База располагала всеми условиями для базирования крупного флота - военные верфи ("Кавасаки дзюкоге", "Сасебо дзюкоге"), арсеналы, аэродромы.
Кобе - крупный судостроительный центр и главная база торгового флота на о.Хондо. В городе расположены верфи "Мицубиси дзюкоге" и "Кавасаки дзюкоге".
Оминато - в проливе Цугару (Сангарский). База легких сил.
Румой - в средней части западного побережья острова Хоккайдо. База предназначалась преимущественно для легких сил.
Фузан - на побережье Корейского залива. База легких сил.
Риодзюн (Порт-Артур) - на юго-западном побережье Ляодунского полуострова. Предназначена преимущественно для базирования легких сил. Обладала мощным судоремонтным потенциалом.
Хитокаппу - передовая стоянка на Курильских островах (бухта Танкан), именно здесь сосредотачивались корабли вице-адмирала Т.Нагумо перед ударом на Перл-Харбор.
Вблизи советского побережья находились маневровые базы флота Японии в Северной Корее - Унги (Юки), Расин (Начжин), Сейсин (Чхончжин), на острове Хоккайдо - Хакодате, Отару и Вакканей, на Южном Сахалине - Отомари, Маока, на о.Шумшу - Катаока. Эти базы легких сил лишь эпизодически посещались подводными лодками.

Рис.59 Военно-морские базы японского флота

В первые годы Второй мировой войны проводились работы по оборудованию операционных и маневровых баз на Пескадорских, Бонинских, Марианских, Каролинских островах, на о.Формоза, о.Парамушир и др. Использовалось большое число гаваней в оккупированных районах - Сингапур, Джакарта, Пенанг, Рабаул и др.