В соответствии с дополнительной кораблестроительной программой 1941 года в развитие крейсерских лодок типа А1 было решено построить "командирскую" подводную лодку для размещения командующего эскадрой подводных лодок и непосредственного руководства соединением субмарин из района боевых действий. По своим характеристикам и внешнему виду единственная лодка типа А2 полностью походила на I-9 (тип А1). Существенное отличие нового типа заключалось в установке двигателей меньшей мощности. В результате скорость подводной лодки снизилась, однако высвободившийся тоннаж был использован для запасов топлива и аккумуляторов. Это обеспечивало штабной лодке значительный радиус действий.

По ходу войны японцы постепенно уяснили, что использование штабного корабля в боевых порядках подводных лодок демаскирует всю группу, а радио-переговоры только привлекают корабли ПЛО. В 1943 году "штабные" выходы подлодок прекратились. Но I-12 как раз и была сдана флоту в этом году, а использование ее в качестве ударной лодки было затруднено низкой скоростью и большими размерами. Всего за годы службы I-12 потопила одно транспортное судно (7176 брт). В январе 1945 года I-12 вышла на свое очередной поход. Последний сеанс связи с лодкой пришелся на 05.01.45, дальнейшая судьба субмарины неизвестна.