Организационные структуры командования японского военно-морского флота в годы Второй мировой войны строились по традиционной схеме: верховным главнокомандующим вооруженными силами являлся император; ему непосредственно подчинялись военно-морской министр, начальник главного морского штаба, командующий Объединенным флотом, командующие морскими районами и авиацией ВМФ. Стратегию в строительстве и модернизации боевых кораблей определял морской технический совет при главном морском штабе. Совет состоял из заместителей морского главного штаба, морского министра, управляющего делами департамента ВМФ, начальника морского технического департамента и ряда других влиятельных лиц.

В качестве совещательных органов по вопросам военно-морской политики при императоре состояли высший военный совет, совет маршалов и адмиралов, совет национальных ресурсов. К несчастью для японских подводников, большинство членов этих советов начинали свою службу еще в годы, предшествовавшие русско-японской войне 1904-1905 гг.

Морской генеральный штаб состоял из трех управлений: оперативного, разведывательного и мобилизационного.

Все действующие корабли Японии были сведены в Объединенный флот, состоявший из трех эскадр: 1-я и 2-я эскадра включали в себя наиболее мощные и современные корабли, 3-я эскадра из устаревших кораблей и легких сил предназначалась для решения второстепенных задач. Кроме Объединенного флота при каждой базе имелись охранные эскадры для охраны и выполнения вспомогательных задач. Корабли, не входившие в состав перечисленных, соединений, составляли резерв первого и второго разрядов.

Приведенная структура вполне отвечала задачам управления флота на уровне Первой мировой войны. К развертыванию активных боевых действий на тихоокеанском театре в новых условиях организация командования устарела:

- объединение значительного числа кораблей в 2 эскадры значительно затрудняло управление отдельными соединениями;
- подчинение подводного флота командованию надводных эскадр было неэффективным решением - например, в Германии подводники имели автономное командование, действовавшее результативно;
- недостаточное внимание уделялось учебным структурам флота, и прежде всего подводным и воздушным (палубная авиация);
- противолодочный флот был плохо организован и слабо технически оснащен.

Японские подводные лодки в начале войны были сведены в 6-й подводный флот, состоявший из семи эскадр, включавших дивизионы, которые имели в своем составе от двух до шести подводных лодок. Командующий 6-м флотом подчинялся главнокомандующему Объединенным флотом. Номер эскадры наносился белой краской в носовой части лодки. Эти цифры хорошо различимы на многих сохранившихся фотографиях японских субмарин.

Рис.57 Организация подводных сил японского флота на 07.12.1941 г.

Состав 6-го подводного флота к началу декабря 1941 г.

Несмотря на традиционность и отработанную десятилетиями структуру командования, уровень управление подводными лодками Японии оставался довольно низким. Он еще более ухудшался, когда в ходе войны лодки включались в другие оперативные объединения. Там ими управляли люди, не знавшие тактики подлодок и их боевых возможностей. В результате подводникам зачастую ставились невыполнимые задачи, снижалась скрытность их действий. Включения лодок в боевые порядки надводных сил продолжалось вплоть до реорганизации структуры управления подводным флотом летом 1943 г.

Рис.57 Организация подводных сил японского флота на 01.08.1943 г.

Но и до, и после реорганизации часть лодок передавалась в подчинение командирам военно-морских баз, которые использовали их по своему усмотрению. Все это, вместе взятое, приводило к рассредоточению усилий подводного флота и неоправданной гибели кораблей.

О низком качестве управления подводными соединениями свидетельствует, например, факт потери управления подводными лодками из-за неправильного выбора местонахождения штаба 6-го флота, оказавшегося в центре зоны боевых действий на о.Сайпан. В результате ударов американской авиации все средства радиосвязи штаба флота с подводными лодками были выведены из строя. Не лучше обстояло дело и когда японские адмиралы начинали непосредственно руководить подводными соединениями: когда на лодках в море выходили командиры эскадр, резко увеличивался объем радиопереговоров между субмаринами, что приводило к снижению их скрытности и увеличению потерь.

В конце войны по всей Японии неимоверно превозносили действия команд сверхмалых подводных лодок; члены команд посмертно получали повышение на два чина. Однако ничего не делалось для поднятия престижа больших лодок. В результате к подводным лодкам уменьшилось внимание в части их обеспечения необходимым оборудованием и, материалами и денежными средствами. Реальная сила подводного флота постепенно сходила на нет.