В январе 1939 года "Арк Ройял" совер-шил поход на Средиземное море, в марте вернулся домой, и его посетил король Ве-ликобритании Георг VI. К лету авианосец прошел курс боевой подготовки, и в авгу-сте на него прибыли новые эскадрильи: 800-я и 803-я истребительные, летавшие на "Скьюа", а также 810-я, 818-я и 821-я, вооруженные "суордфишами". Тогда же на "Арк Ройяле"- самом современном и крупном британском корабле своего класса - поднял свой флаг командующий авиа-носцами Флота метрополии вице-адмирал Лайонелл Уэллс.

Для англичан Вторая мировая война на-чалась 3 сентября, и с первого ее дня бри-танское военно-морское командование ожидало повышения активности герман-ских подводных лодок. 12 сентября "Арк Ройял" был включен в состав противоло-дочной поисково-ударной группы, патру-лировавшей западнее Гебридских остро-вов. Аналогичную миссию у Западных под-ходов выполняли "Корейджес" и "Гермес". Подобная тактика несла в себе опасность для самих же авианосцев, ставших заман-чивыми целями для немецких подводни-ков. 14 сентября в атаку на "Арк" вышла U-39. Все три торпеды взорвались в киль-ватерной струе авианосца, а эсминцы эс-корта "Фолкнор", "Фоксхаунд" и "Файрдрейк" контратаковали и потопили субма-рину, выловив из воды 44 немецких моря-ков во главе с их командиром. U-39 стала первой германской подводной лодкой, потопленной союзниками в ходе войны.

На следующий день тройке "скьюа" 803-й эскадрильи представился случай уничтожить еще одну подлодку - U-30. На деле все обернулось невероятным казу-сом. Лодка была обнаружена в надводном положении, но самолеты вышли в атаку на столь низкой высоте, что двум из них ото-рвало хвостовые части взрывами соб-ственных бомб, и они упали в море. Оба стрелка-наблюдателя погибли, а пилотам выпала горькая участь стать первыми пред-ставителями флота, захваченными в плен.

Это лишь подтвердило, что Королев-ский флот ни тактически, ни технически не был готов к подобного рода действиям. К примеру, на вооружении самолетов не имелось противолодочных бомб. Тем не менее, тревожные "звонки" не были услышаны в Адмиралтействе. Итогом ста-ла трагедия, разыгравшаяся 17 сентября юго-западнее Ирландии. Подводная лод-ка U-29 под командованием капитан-лей-тенанта Шухарта незаметно подкралась к "Корейджесу" и выпустила по нему три торпеды. Спустя 15 минут корабль зато-нул, унеся с собой жизни 518 человек. После этого авианосцы были выведены из состава поисково-ударных групп.

"Арк Ройялу" не пришлось долго про-стаивать без дела. 25 сентября Флот мет-рополии вышел в море и следующим ут-ром находился в 250 милях северо-западнее Гельголанда. Около 11.00 патрульным "Суордфишем" были замечены три немец-ких летающих лодки Do-18. Наперехват вылетело сразу девять "скьюа", и одну из них удалось сбить, экипаж был подобран из воды эсминцем "Сомали". Первую в истории FAA воздушную победу одержали пилот лейтенант МакИвен и стрелок-наблю-датель Сеймур из 803-й эскадрильи. Ответ немцев не заставил себя долго ждать. Че-рез шесть часов над кораблями появилась четверка новейших бомбардировщиков Ju-88 из состава соединения 1./KG30. Все "скьюа" находились в ангарах и не могли немедленно взлететь, надежда оставалась на зенитную артиллерию да на неважную точность высотного бомбометания. Итогом налета стали близкие разрывы у бортов "Худа" и "Арк Ройяла", не причинившие ко-раблям существенных повреждений. Одна-ко пилот одного из "юнкерсов" доложил о прямом попадании в авианосец, и на сле-дующий день радиостанция Гамбурга зая-вила о потоплении "Арка".

По возвращении домой в составе авиа-группы "Арк Ройяла" произошли измене-ния. 2 октября 803-я и 818-я эскадрильи были выгружены в Скапа-Флоу, а на их место приняли 820-ю - дюжину "суордфишей" под командованием лейтенант-коммандера Ходжкинсона. В тот же вечер авианосец в сопровождении линейного крейсера "Ринаун" отправился в свой пер-вый в ходе войны дальний поход.